普通外科中心是北京佑安醫院重點科室，包括肝移植中心和普通外科兩個病區，醫護人員76名，博士研究生導師1名，碩士研究生導師4名，高級職稱20人，博士研究生16人，碩士研究生8人，專業特色為肝移植和肝膽系統惡性腫瘤的外科及微創治療。由普通外科中心牽頭北京佑安醫院成為了“國家第一批肝癌規范診療質量控制試點單位”，也成功申報 “首都醫科大學肝癌臨床診療與研究中心”，經過10余年的肝移植工作積累，佑安醫院獲批國家衛健委認定的“肝臟移植執業醫師培訓基地”，同時獲批“北京市醫院管理局重點醫學專業發展計劃(揚帆計劃)- 肝臟重點專科”。

器官移植被譽為臨床醫學的“寶塔尖”，是目前拯救器官衰竭患者的唯一有效治療手段。自1978年9月14日北京佑安醫院完成北京市第一例肝移植開始，經過30年的發展，累計完成肝移植近2000例，連續3年北京市肝移植數量第1名，2021年，肝癌肝移植數量全國第1名。普通外科中心肝移植手術在數量和難度上屢創新高，術后生存率對標國際一流，形成了慢重肝肝移植和肝癌肝移植的特色專業，成為全國領先、國際知名的肝移植中心，現已經形成包括器官捐獻協調員團隊、器官維護重癥監護室團隊、腦死亡判定分中心團隊、器官獲取團隊、肝移植手術及術后隨訪團隊在內的專業、成熟的肝移植手術體系。

肝膽系統惡性腫瘤的根治性微創治療是普通外科中心另一大特色，能夠完成包括腹腔鏡下右半肝切除術、腹腔鏡下左半肝切除術、腹腔鏡下肝尾狀葉切除術在內全部部位的腹腔鏡肝臟手術，普通外科中心已經完成佑安醫院第一例成功的“聯合肝臟分隔和門靜脈結扎二步肝切除術（ALPPS）”手術，兩次均是腹腔鏡手術，此類手術在國際注冊中心已登記的數量不超過2000例，標志著佑安醫院的腹腔鏡微創肝臟手術已經達到了國內、國際的先進水平，自2010年以來，普通外科中心共完成腹腔鏡肝臟手術1000余例，中心每年完成肝癌切除手術500余例，膽道及胰腺腫瘤手術百余例，為肝膽系統惡性腫瘤患者提供根治性外科手術治療。