多數患者在第一次給藥后會有程度不等的發熱、肌痛等感冒樣反應，可預先給解熱鎮痛藥緩解癥狀。隨著治療時間的延長這些反應均可有不同程度的緩解-常稱之為快速耐受。治療2-3個月后仍會稍感疲乏、食欲降低，不少患者有輕微脫發，但一般不影響上學或上班。約25%-30%的患者出現血液白細胞和血小板減少，通常發生在療程的前2-3個月，停藥后可很快恢復。干擾素雖然有較多不良反應，但只要按時檢查進行必要的對癥處理，就能安全完成療程。